A cidade do Rio Grande, fundada por colonizadores portugueses em 1737, está localizada em uma região geográfica privilegiada, às margens do estuário da Lagoa dos Patos abrigando o único porto marítimo do estado do Rio Grande do Sul, um dos mais importantes portos do Brasil na movimentação de contêineres e de desembarque de pescado. A Universidade Federal do Rio Grande (FURG) foi criada pelo Decreto no 774, de 20 Agosto de 1969 , sob a forma de Fundação, projeto catalisado fundamentalmente pela carência de uma escola de nível superior na cidade àquela época. Este fato era considerado o principal causador da migração de jovens estudantes para os grandes centros, os quais raramente retornavam à sua terra natal para aplicar os conhecimentos adquiridos no desenvolvimento social e econômico da região.
Por estar localizada geograficamente em zona brasileira de imensa interação dos ambientes continental e oceânico, região habitada por uma população tradicionalmente ligada ao mar, a FURG decidiu enfatizar a sua atenção nos estudos relativos ao ecossistema costeiro e marinho.
Atualmente, a FURG é reconhecida nacional e internacionalmente pela qualidade de seus cursos de graduação e pós-graduação.  A Metade Sul do estado do Rio Grande do Sul (RS), embora abrigue o único porto marítimo desse estado, e sedie indústrias química e petroquímica, de adubos e fertilizantes, de alimentos e pescado, possui um índice de desenvolvimento sócio-econômico significativamente baixo, como analisado por Menezes e Feijó (2011) . No entanto, Rio Grande vem experimentando mudanças significativas no seu dia a dia. Segundo dados do IBGE (2010), Rio Grande passa por uma reestruturação da atividade portuária, ampliando-a e modernizando-a, estabelecendo-se como um município que abriga um dos principais portos brasileiros e importante porto do Mercosul. Esta evolução se destaca a partir do desenvolvimento do Polo Naval em Rio Grande, com a instalação de estaleiros, culminando na construção de plataformas petrolíferas (cinco plataformas, desde 2006: P-53, P-55, P-58 , P-63 e P-66), e paralelamente, no desenvolvimento de indústrias e serviços de apoio à indústria naval, apresentando evolução sócio-econômica relevante no município, promovendo o crescimento populacional pela imigração, e positivo efeito multiplicador de renda e emprego. Além disso, Rio Grande é um importante polo comercial, uma cidade histórica e com centro turístico, e a Praia do Cassino, considerado o balneário mais movimentado do litoral sul do RS.
Embora exista no extremo sul do RS três instituições de ensino superior, FURG, UFPel e UCPel, que oferecem cursos de graduação em Ciências Econômicas, o curso de mestrado acadêmico em economia aplicada da FURG é o único voltado para o estudo do ambiente econômico costeiro e marítimo, bem como análises de políticas de consolidação dos polos naval e portuário da região sul do Rio Grande do Sul, dos impactos das ações produtivas sobre o meio ambiente e sobre a economia local/regional/nacional, que avalie as relações comerciais considerando a proximidade com países do Mercosul, bem como estudos econômicos que subsidiem a formulação de políticas públicas para o mar. Diante desse quadro, a criação do Programa de Mestrado em Economia Aplicada teve como foco o estudar as regiões costeiras e marinha afim de  contribuir para o desenvolvimento destas regiões de forma sustentável, com especial ênfase ao desenvolvimento sócio-econômico-político-ambiental da região do extremo sul do RS, a partir da constituição de suporte científico de excelência às formulações de políticas públicas que atendam a área costeira e marinha. Além desses pontos positivos, a implementação do Programa de Mestrado se propõem a contribuir para a formação de capital humano na área de economia, com foco em Economia Aplicada às Zonas Costeiras e Marinhas não só do extremo sul do RS, mas também do Brasil.